各国家科技重大专项（民口）牵头组织单位，国务院有关部委、有关直属机构，各省、自治区、直辖市、计划单列市财政厅（局）、科技厅（委、局）、发展改革委（局），新疆生产建设兵团财政局、科技局、发展改革委，各有关单位：
为保障国家科技重大专项（民口）（以下简称重大专项）的组织实施，规范和加强重大专项资金管理，根据《国务院关于改进加强中央财政科研项目和资金管理的若干意见》（国发〔2014〕11号）、《国务院印发关于深化中央财政科技计划（专项、基金等）管理改革方案的通知》（国发〔2014〕64号）、《中共中央办公厅 国务院办公厅印发 <关于进一步完善中央财政科研项目资金管理等政策的若干意见> 的通知》、《国务院办公厅关于印发国家科技重大专项组织实施工作规则的通知》（国办发〔2016〕105号）、《国家科技重大专项（民口）管理规定》（国科发专〔2017〕145号）及国家有关财经法规和财务管理制度，结合重大专项管理特点，我们修订了《国家科技重大专项（民口）资金管理办法》。现印发给你们，请遵照执行。
附件：国家科技重大专项（民口）资金管理办法
财 政 部 科 技 部 发 展 改 革 委
2017年6月27日
附件：
国家科技重大专项（民口）资金管理办法
第一章 总则
第一条 为保障国家科技重大专项（民口）（以下简称重大专项）的组织实施，规范和加强重大专项资金管理，根据《国务院关于改进加强中央财政科研项目和资金管理的若干意见》（国发〔2014〕11号）、《国务院印发关于深化中央财政科技计划（专项、基金等）管理改革方案的通知》（国发〔2014〕64号）、《中共中央办公厅 国务院办公厅印发 <关于进一步完善中央财政科研项目资金管理等政策的若干意见> 的通知》、《国务院办公厅关于印发国家科技重大专项组织实施工作规则的通知》（国办发〔2016〕105号）、《国家科技重大专项（民口）管理规定》（国科发专〔2017〕145号）及国家有关财经法规和财务管理制度，制定本办法。
第二条 重大专项的资金来源坚持多元化原则，资金来源包括中央财政资金、地方财政资金、单位自筹资金以及从其他渠道获得的资金。
本办法适用于中央财政安排的重大专项资金（以下简称重大专项资金）。其他来源的资金应当按照国家有关财务会计制度和相关资金提供方的具体要求执行。
第三条 重大专项资金主要用于支持在中国大陆境内注册，具有独立法人资格，承担重大专项任务的科研院所、高等院校、企业等，开展重大专项实施过程中市场机制不能有效配置资源的基础性和公益性研究，以及企业竞争前的共性技术和重大关键技术研究开发等公共科技活动，并对重大技术装备或产品进入市场的产业化前期工作予以适当支持。重大专项实行概预算管理，项目（课题）实行预算管理。
第四条 重大专项的财政支持方式分为前补助、后补助。具体支持方式根据重大专项组织实施的要求和项目（课题）的特点，在年度指南和年度计划（含年度预算，下同）中予以明确。
（一）前补助是指项目（课题）立项后核定预算，并按照项目（课题）执行进度拨付资金的财政支持方式。
（二）后补助是指单位先行投入资金组织开展研究开发、成果转化和产业化活动，在项目（课题）完成并取得相应成果后，按规定程序通过审核验收、评估评审后，给予相应补助的财政支持方式。后补助包括事前立项事后补助、事后立项事后补助两种方式。
（三）对于基础性和公益性研究，以及重大共性关键技术研究、开发、集成等公共科技活动，一般采取前补助方式支持。对于具有明确的、可考核的产品目标和产业化目标的项目（课题），以及具有相同研发目标和任务、并由多个单位分别开展研发的项目（课题），一般采取后补助方式支持。
第五条 重大专项资金的使用和管理遵循以下原则：
（一）集中财力，聚焦重点。聚焦国家重大战略产品和重大产业化目标，发挥举国体制的优势，集中财力，突出重点，避免资金安排分散重复。
（二）放管结合，权责对等。进一步转变政府职能，坚持做好“放管服”，充分发挥相关管理机构的作用，明确职责，强化担当，落实资金管理责任。
（三）多元投入，注重绩效。坚持多元化投入原则，积极发挥市场配置技术创新资源的决定性作用和企业技术创新的主体作用，突出需求牵引和成果绩效导向，提高资金使用效益。
（四）专款专用，单独核算。各种渠道获得的资金都应当按照“专款专用、单独核算”的原则使用和管理。
第二章 管理机构与职责
第六条 按照重大专项的组织管理体系，重大专项资金实行分级管理，分级负责。
第七条 在部际联席会议制度下，科技部会同发展改革委、财政部负责组织重大专项实施方案（含总概算和阶段概算）编制论证，开展阶段实施计划（含分年度概算，下同）、年度计划综合平衡工作，统筹协调重大专项与国家其他科技计划（专项、基金等）、国家重大工程的关系；组织重大专项的监测评估、检查监督和总结验收等。
第八条 财政部会同科技部、发展改革委制定重大专项资金管理制度，评估审核专项总概算和阶段概算。财政部会同科技部组织开展阶段概算的分年度概算评审；对专项牵头组织单位、项目管理专业机构（以下简称专业机构）的重大专项资金管理情况进行监督检查，对项目（课题）资金使用情况和财务验收情况进行抽查。财政部审核批复分年度概算，按部门预算程序审核批复年度预算、执行中的重大概预算调剂等。
出资的地方财政部门负责落实其承诺投入的资金，提出资金安排意见，并加强对资金使用的管理。
第九条 牵头组织单位负责重大专项具体实施工作，制定资金管理实施细则，协调落实重大专项实施的相关支撑条件和配套政策；组织编报分年度概算，制定年度指南；审核上报年度计划建议（含年度预算建议，下同）；批复项目（课题）立项（含预算），按规定程序审核批复预算调剂；监督检查本专项预算执行情况，报告年度资金使用情况，按规定组织开展专项项目（课题）绩效评价；成立重大专项实施管理办公室等。
第十条 专业机构接受部际联席会议办公室与牵头组织单位的共同委托，负责重大专项项目（课题）的具体管理工作。负责组织项目（课题）立项、预算评审、提出年度计划建议；负责与项目（课题）牵头承担单位签订项目（课题）任务合同书（含预算书，下同）；按规定程序审核批复预算调剂；负责项目（课题）过程管理、结题验收和决算；定期报告年度资金使用情况；督促项目（课题）预算执行，监督检查项目（课题）资金使用情况；建立健全重大专项项目（课题）资金管理、财务验收、内部监督等制度，以及预算执行人失信警示和联合惩戒机制等。
第十一条 项目（课题）承担单位（以下简称承担单位）是项目（课题）资金使用和管理的责任主体，应强化法人责任，规范资金管理。负责编制和执行所承担的重大专项项目（课题）预算；按规定程序履行相关预算调剂职责；严格执行各项财务规章制度，接受监督、检查和审计，并配合评估和验收；编报重大专项资金决算，报告资金使用情况等；负责项目（课题）资金使用情况的日常监督和管理；落实单位自筹资金及其他配套条件等。
第三章 重大专项概算管理
第十二条 重大专项概算是指对专项实施周期内，专项实施所需总费用的事前估算，是重大专项预算安排的重要依据。重大专项概算包括总概算、阶段概算和分年度概算。
第十三条 重大专项概算应当同时编制收入概算和支出概算，确保收支平衡。
重大专项收入概算包括中央财政资金概算和其他来源资金概算。
重大专项支出概算包括支出总概算、支出阶段概算和支出分年度概算。支出概算应当在充分论证、科学合理的基础上，根据任务相关性、配置适当性和经济合理性的原则，按照任务级次和不同研发阶段分别编列。
第十四条 牵头组织单位会同专业机构根据国务院批复的实施方案中确定的总概算和阶段概算，结合编制阶段实施计划，进一步细化年度任务目标，编制分年度概算。
第十五条 财政部会同科技部组织开展专项分年度概算评审。财政部根据评审结果，结合财力可能，按照有关规定核定并批复专项中央财政资金分年度概算。
第十六条 经国务院批复的总概算及阶段概算原则上不得调增。分年度概算在不突破阶段概算的前提下，可以在本阶段年度间调整，由牵头组织单位提出申请，按程序报财政部审批。重大专项任务目标发生重大变化等原因导致中央财政资金总概算、阶段概算确需调增的，由牵头组织单位提出调整申请，财政部、科技部、发展改革委审核后按程序报国务院批准。
第四章 资金核定方式及开支范围
第十七条 重大专项资金由项目（课题）资金和管理工作经费组成，分别核定与管理。
第十八条 重大专项项目（课题）资金由直接费用和间接费用组成，适用于前补助和事前立项事后补助项目（课题）。
（一）直接费用是指在项目（课题）实施过程（包括研究、中间试验试制等阶段）中发生的与之直接相关的费用。主要包括：
1.设备费：是指在项目（课题）实施过程中购置或试制专用仪器设备，对现有仪器设备进行升级改造，以及租赁使用外单位仪器设备而发生的费用。应当严格控制设备购置，鼓励共享、试制、租赁专用仪器设备以及对现有仪器设备进行升级改造，避免重复购置。
2.材料费：是指在项目（课题）实施过程中由于消耗各种必需的原材料、辅助材料等低值易耗品而发生的采购、运输、装卸和整理等费用。
3. 测试化验加工费：是指在项目（课题）实施过程中支付给外单位（包括承担单位内部独立经济核算单位）的检验、测试、设计、化验、加工及分析等费用。
4. 燃料动力费：是指在项目（课题）实施过程中相关大型仪器设备、专用科学装置等运行发生的水、电、气、燃料消耗费用等。
5.会议/差旅/国际合作与交流费：是指在项目（课题）实施过程中发生的会议费、差旅费和国际合作与交流费。
会议费：是指在项目（课题）实施过程中为组织开展相关的学术研讨、咨询以及协调任务等活动而发生的会议费用。
差旅费：是指在项目（课题）实施过程中开展科学实验（试验）、科学考察、业务调研、学术交流等所发生的外埠差旅费、市内交通费用等。
国际合作与交流费：是指在项目（课题）实施过程中相关人员出国（境）、外国专家来华及港澳台专家来内地（大陆）工作而发生的费用。
在编制项目（课题）预算时，本科目支出预算不超过直接费用10%的，不需要提供预算测算依据。承担单位和科研人员应当按照实事求是、精简高效、厉行节约的原则，严格执行国家和单位的有关规定，统筹安排使用。
6.出版/文献/信息传播/知识产权事务费：是指在项目（课题）实施过程中，需要支付的出版费、资料费、专用软件购买费、文献检索费、专业通信费、专利申请及其他知识产权事务等费用。
7.劳务费：是指在项目（课题）实施过程中支付给参与研究的研究生、博士后、访问学者以及项目（课题）聘用的研究人员、科研辅助人员等的劳务性费用。
项目（课题）聘用人员的劳务费标准，参照当地科研和技术服务业人员平均工资水平，根据其在项目（课题）研究中承担的工作任务确定，其社会保险补助纳入劳务费科目列支。劳务费预算不设比例限制，据实编制。
8.专家咨询费：是指在项目（课题）实施过程中支付给临时聘请的咨询专家的费用。专家咨询费不得支付给参与项目（课题）研究及其管理相关的工作人员。专家咨询费的标准按国家有关规定执行。
9.基本建设费：是指项目（课题）实施过程中发生的房屋建筑物构建、工程配套机电设备购置等基本建设支出，应当单独列示，并参照基本建设财务制度执行。
10.其他费用：是指在项目（课题）实施过程中除上述支出项目之外的其他直接相关的支出。其他费用应当在申请预算时详细说明。
（二）间接费用是指承担单位在项目（课题）组织实施过程中无法在直接费用中列支的相关费用。主要包括承担单位为项目（课题）研究提供的房屋占用，日常水、电、气、暖消耗，有关管理费用的补助支出，以及激励科研人员的绩效支出等。
结合承担单位信用情况，间接费用实行总额控制，按照不超过课题直接费用扣除设备购置费和基本建设费后的一定比例核定。具体比例如下：500万元及以下部分为20%，超过500万元至1000万元的部分为15%，超过1000万元以上的部分为13%。
间接费用由承担单位统筹使用和管理。承担单位应当建立健全间接费用的内部管理办法，公开透明、合规合理使用间接费用，处理好分摊间接成本和对科研人员激励的关系，绩效支出安排应当与科研人员在项目工作中的实际贡献挂钩。
项目（课题）中有多个单位的，间接费用在总额范围内由项目（课题）牵头承担单位与参与单位协商分配。承担单位不得在核定的间接费用以外，再以任何名义在项目（课题）资金中重复提取、列支相关费用。
第十九条 重大专项管理工作经费是指在重大专项组织实施过程中，科技部、发展改革委和财政部（以下简称三部门）、牵头组织单位、专业机构等承担重大专项管理职能且不直接承担项目（课题）的有关单位和部门，开展与实施重大专项相关的研究、论证、招标、监理、咨询、评估、评审、审计、监督、检查、培训等管理性工作所需的费用，由财政部单独核定。
第二十条 管理工作经费按照“分年核定、专款专用、勤俭节约、合理规范”的原则使用和管理。管理工作经费不得用于弥补相应单位的日常公用经费。
第二十一条 管理工作经费开支范围包括：会议费、差旅费、专家咨询费、劳务费、审计/评审评估/招投标/监理费、出版物/文献/信息传播费、设备购置费及其他费用等。
（一）会议费是指专项组织实施和管理过程中召开的研讨会、论证会、评审评估会、培训会等会议费用。会议费的开支应当按照国家有关规定执行，严格控制会议的规模、数量、开支标准和会期。
（二）差旅费是指专项组织实施和管理过程中临时聘请的咨询专家发生的外埠差旅费、市内交通费用等，开支标准应当按照国家有关规定执行。
（三）专家咨询费是指专项组织实施和管理过程中支付给临时聘请的咨询专家的费用。专家咨询费不得支付给参与专项管理的相关工作人员，开支标准按国家有关规定执行。
（四）劳务费是指专项组织管理工作中支付给临时聘用且没有工资性（包括退休工资）收入人员的劳务性费用。
（五）审计/评审评估/招投标/监理费是指专项组织实施和管理过程中发生的审计、立项评审、招投标、项目监理等相关费用，开支标准应当按照国家有关规定执行。
（六）出版物/文献/信息传播费是指专项组织实施和管理过程中需要支付的出版费、资料费、专用软件购买费、文献检索费、宣传费等费用。
（七）设备购置费主要用于重大专项管理工作所必需的达到固定资产标准的小型设备购置。设备购置费原则上不予开支，确有需要的，应单独报批。
（八）其他费用是指在专项组织实施过程中除上述支出项目之外的其他与重大专项管理工作直接相关的支出。其他费用应当在申请预算时单独列示。
第二十二条 管理工作经费纳入部门预算管理。经费使用部门（单位）按照部门预算管理有关规定编报经费需求，财政部按规定审核下达管理工作经费预算。管理工作经费应当按规定纳入相应使用单位财务，统一管理，单独核算。管理工作经费的结转结余资金按照中央部门结转和结余资金管理有关规定执行。
第五章 预算编制与审批
第二十三条 预算编制与审批程序适用于前补助和事前立项事后补助项目（课题）。
第二十四条 重大专项实行全口径预算编制，应当全面反映重大专项组织实施过程中的各项收入和支出，明确提出各项支出所需资金的来源渠道。预算包括收入预算和支出预算，做到收支平衡。
第二十五条 专业机构根据年度指南，组织项目（课题）申报及预算编报,不得在预算申报前先行设置控制额度，可在年度指南中公布重大专项年度拟立项项目概算数。
第二十六条 承担单位按照政策相关性、目标相符性和经济合理性原则，科学、合理、真实地编制项目（课题）预算。对仪器设备购置、参与单位资质及拟外拨资金进行重点说明，并申明现有的实施条件和从单位外部可能获得的共享服务，项目（课题）申报单位对直接费用各项支出不得简单按比例编列。
第二十七条 专业机构委托具有独立法人资格的、具有相应资质的第三方机构进行预算评审。
预算评审第三方机构应当具备丰富的国家科技计划预算评审工作经验，熟悉国家科技计划（专项、基金等）和资金管理政策，建立了相关领域的科技专家队伍支撑，拥有专业的预算评审人才队伍等。
预算评审应当按照规范的程序和要求，坚持独立、客观、公正、科学的原则，对项目（课题）申报预算的政策相关性、目标相符性和经济合理性进行评审，预算评审过程中不得简单按比例核减预算。预算评审应当建立健全沟通反馈机制，承担单位对预算评审意见存在重大异议的，可向专业机构申请复议。
第二十八条 专业机构提出年度计划建议报牵头组织单位，牵头组织单位审核同意后，于每年9月底前将下一年年度计划报三部门综合平衡。财政部根据三部门综合平衡意见核定年度预算，按规定程序下达牵头组织单位，同时抄送科技部、发展改革委。
由地方政府作为牵头组织单位的重大专项按照有关规定执行。
第二十九条 专业机构应按照有关规定公示拟立项项目（课题）名单和预算（涉密内容除外），并接受监督。
第三十条 牵头组织单位根据三部门综合平衡意见和财政部预算批复，向专业机构下达项目（课题）立项批复（含预算）。
第三十一条 专业机构根据立项批复（含预算）与项目（课题）牵头承担单位签订项目（课题）的任务合同书。
任务合同书是项目（课题）预算执行、财务验收和监督检查的依据。任务合同书应以项目（课题）预算申报书为基础，突出绩效管理，明确项目（课题）考核目标、考核指标及考核方法，明晰各方责权，明确项目（课题）牵头承担单位和参与单位的资金额度，包括其他来源资金和其他配套条件等。
第三十二条 事前立项事后补助是指单位围绕重大专项目标任务，按照前补助规定的程序立项后，先行投入组织研发活动并取得预期成果，按规定程序通过审核、评估和验收后，给予相应补助的财政支持方式。
采用事前立项事后补助方式的项目（课题），可事先拨付不超过该项目（课题）中央财政核定专项资金总额30%的启动资金，启动资金列入立项当年预算。待专业机构对项目（课题）进行验收、提出其余中央财政资金预算安排建议，经牵头组织单位审批后，在以后年度预算中安排，承担单位可以统筹安排使用。
第三十三条 事后立项事后补助是对单位已取得了符合重大专项目标要求，但未纳入重大专项支持范围的核心关键技术等研究成果，按规定程序通过审核、评估后给予相应补助的财政支持方式。
采用事后立项事后补助方式的项目（课题），由专业机构组织开展成果征集、项目（课题）评估、技术验证和价值评估，结合项目（课题）的实际支出，提出后补助预算安排建议，并纳入年度计划建议，论证结果和预算安排建议应向社会公示（涉密内容除外）。事后立项事后补助方式获得的资金，承担单位可以统筹安排使用。
第六章 预算执行
第三十四条 自2018年1月1日起，重大专项资金不再通过特设账户拨付，资金支付按照国库集中支付制度有关规定执行。取消特设账户有关事项另行规定。
第三十五条 专业机构按照国库集中支付制度规定，及时办理向项目（课题）牵头承担单位支付年度项目（课题）资金的有关手续。实行部门预算批复前项目（课题）资金预拨制度。
项目（课题）牵头承担单位应当根据项目（课题）研究进度和资金使用情况，及时向项目（课题）参与单位拨付资金。课题参与单位不得再向外转拨资金。
项目（课题）牵头承担单位不得对参与单位无故拖延资金拨付，对于出现上述情况的单位，专业机构将采取约谈、暂停项目（课题）后续拨款等措施。
第三十六条 承担单位应当严格执行国家有关财经法规和财务管理制度，切实履行法人责任，建立健全项目（课题）资金内部管理制度和报销规定，明确内部管理权限和审批程序，完善内控机制建设，强化资金使用绩效评价，确保资金使用安全、规范、有效。
第三十七条 承担单位应当建立健全科研财务助理制度，为科研人员在项目编制和调剂、资金支出、财务决算和验收方面提供专业化服务。
第三十八条 承担单位应当将项目（课题）资金纳入单位财务统一管理，对中央财政资金和其他来源的资金分别单独核算，确保专款专用。按照承诺保证其他来源的资金及时足额到位。
第三十九条 承担单位应当建立信息公开制度，在单位内部公开立项、主要研究人员、资金使用（重点是间接费用、外拨资金、结余资金使用等）、大型仪器设备购置以及项目（课题）研究成果等情况，接受内部监督。
第四十条 承担单位应当严格执行国家有关支出管理制度。对应当实行“公务卡”结算的支出，按照中央财政科研项目使用公务卡结算的有关规定执行。对设备费、大宗材料费和测试化验加工费、劳务费、专家咨询费等支出，原则上应当通过银行转账方式结算。对野外考察、心理测试等科研活动中无法取得发票或者财政性票据的，在确保真实性的前提下，可按实际发生额予以报销。
第四十一条 承担单位应当按照下达的预算执行。项目（课题）在研期间，年度剩余资金结转下一年度继续使用。预算确有必要调剂时，应当按照调剂范围和权限，履行相关程序。
（一）专项年度预算总额的调剂，由专业机构提出申请，牵头组织单位审核后报财政部批复。
（二）项目（课题）年度预算总额调剂，由项目（课题）牵头承担单位向专业机构提出申请，专业机构按原预算评审程序委托预算评审第三方机构评审后，报牵头组织单位审批。
（三）项目（课题）年度预算总额不变，课题间预算调剂，课题承担单位之间预算调剂以及增减项目（课题）参与单位的预算调剂，由项目（课题）牵头承担单位审核汇总后，报专业机构审批。
（四）项目（课题）预算总额不变，直接费用中材料费、测试化验加工费、燃料动力费、出版/文献/信息传播/知识产权事务费、会议/差旅/国际合作与交流费、其他费用等预算如需调剂，由项目（课题）负责人根据实施过程中科研活动的实际需要提出申请，由项目（课题）牵头承担单位审批。设备费、劳务费、专家咨询费、基本建设费预算一般不予调剂，如需调减可按上述程序调剂用于其他方面支出；如需调增，需由项目（课题）牵头承担单位报专业机构审批。
（五）项目（课题）的间接费用预算总额不得调增，经承担单位与项目（课题）负责人协商一致后，可以调减用于直接费用。
第四十二条 重大专项资金实行全口径决算报告制度。对按规定应列入项目（课题）决算的所有资金，应全部纳入项目（课题）决算。
第四十三条 项目（课题）牵头承担单位应当在每年的4月20日前，审核上年度收支情况，汇总形成项目（课题）年度财务决算报告，并报送专业机构。决算报告应当真实、完整、账表一致。
项目（课题）资金下达之日起至年度终了不满三个月的项目（课题），当年可以不编报年度财务决算报告，其资金使用情况在下一年度的年度财务决算报告报表中编制反映。
第四十四条 专业机构按规定组织项目（课题）财务验收，并将财务验收结果报牵头组织单位备案。有下列行为之一的，不得通过财务验收：
（一）编报虚假预算，套取国家财政资金；
（二）未对专项资金进行单独核算；
（三）截留、挤占、挪用专项资金；
（四）违反规定转拨、转移专项资金；
（五）提供虚假财务会计资料；
（六）未按规定执行和调剂预算；
（七）虚假承诺、单位自筹资金不到位；
（八）资金管理使用存在违规问题拒不整改；
（九）其他违反国家财经纪律的行为。
第四十五条 重大专项项目（课题）通过财务验收后，各承担单位应当在一个月内及时办理财务结账手续。
第四十六条 项目（课题）因故撤销或终止，承担单位应当及时清理账目与资产，编制财务报告及资产清单，报送专业机构。专业机构研究提出清查处理意见并报牵头组织单位审核批复，牵头组织单位确认后，按规定程序将结余资金（含处理已购物资、材料及仪器设备的变价收入）上缴国库。
第四十七条 对于项目（课题）结余资金（不含审计、年度监督评估等监督检查中发现的违规资金），项目（课题）完成任务目标并一次性通过验收，且承担单位信用评价好的，结余资金按规定留归承担单位使用，2年内（自验收结论下达后次年的1月1日起计算）统筹安排用于科研活动的直接支出。2年后结余资金未使用完的，按规定原渠道收回。
未一次性通过财务验收的项目（课题），或承担单位信用评价差的，结余资金按规定原渠道收回。
第四十八条 重大专项资金使用中涉及政府采购的，按照国家政府采购有关规定执行。
第四十九条 行政事业单位使用中央财政资金形成的固定资产属国有资产，应当按照国家有关国有资产的管理规定执行。企业使用中央财政资金形成的固定资产，按照《企业财务通则》等相关规章制度执行。中央财政资金形成的知识产权等无形资产的管理，按照国家有关规定执行。
中央财政资金形成的大型科学仪器设备、科学数据、自然科技资源等，按照规定开放共享。
第七章 监督检查
第五十条 三部门、牵头组织单位、专业机构和承担单位应当根据职责和分工，建立覆盖资金管理使用全过程的资金监督检查机制。监督检查应当加强统筹协调，加强信息共享，避免重复交叉。
第五十一条 三部门通过监督评估、专项检查、年度报告分析、举报核查、绩效评价等方式，按计划对专业机构内部管理、重大专项资金管理使用规范性和有效性进行监督检查；对承担单位法人责任落实情况，内部控制机制和管理制度的建设及执行情况，项目（课题）资金拨付的及时性，项目（课题）资金管理使用规范性、安全性和有效性以及财务验收情况等进行抽查。
第五十二条 牵头组织单位应当指导专业机构做好重大专项资金管理工作，对重大专项的实施进展情况、资金使用和管理情况进行监督检查。牵头组织单位按照规定组织开展项目（课题）绩效评价。牵头组织单位对监督检查中发现的问题，及时督促专业机构整改，追踪问责。
第五十三条 专业机构应当建立健全资金监管制度，组织开展重大专项资金的管理和监督，并配合有关部门监督检查，对发现问题的承担单位，采取警示、约谈等方式，督促整改，追踪问责。
专业机构应当在每年末总结当年的重大专项资金管理和监督情况，并报牵头组织单位备案。
第五十四条 承担单位应当按照本办法和国家相关财经法规及财务管理制度，完善内部控制和监督制约机制，加强支撑服务条件建设，提高对科研人员的服务水平，建立常态化的自查自纠机制，保证项目（课题）资金安全。
承担单位应当强化预算约束，规范资金使用行为，严格按照本办法规定的开支范围和标准支出，严禁使用重大专项资金支付各种罚款、捐款、赞助等，严禁以任何方式牟取私利。承担单位应当建立健全各种费用开支的原始资料登记和材料消耗、统计盘点制度，做好预算与财务管理的各项基础性工作。
第五十五条 重大专项资金管理实行责任倒查和追究制度。对存在失职，渎职，弄虚作假，截留、挪用、挤占、骗取重大专项资金等违法违纪行为的，按照相关规定追究相关责任人和单位的责任；涉嫌犯罪的，移送司法机关处理。
财政部及其相关工作人员在重大专项概预算审核下达，牵头组织单位、专业机构及其相关工作人员在重大专项项目（课题）资金分配等环节，存在违反规定安排资金或其他滥用职权、玩忽职守、徇私舞弊等违法违纪行为的，按照《预算法》、《公务员法》、《行政监察法》、《财政违法行为处罚处分条例》等国家有关规定追究相关单位和人员的责任；涉嫌犯罪的，移送司法机关处理。
第五十六条 重大专项组织管理过程中，相关机构和人员应严格遵守国家保密规定。对于违反保密规定的，给国家安全和利益造成损害的，应当依照有关法律、法规给予有关责任机构和人员处分，构成犯罪的，依法追究刑事责任。
第八章 附则
第五十七条 牵头组织单位应当根据本办法制定实施细则，报三部门备案。
第五十八条 本办法由财政部负责解释。
第五十九条 本办法自发布之日起施行，《财政部 科技部 发展改革委关于印发 <民口科技重大专项资金管理暂行办法> 通知》(财教〔2009〕218号) 、《财政部关于印发 <民口科技重大专项管理工作经费管理暂行办法> 的通知》（财教〔2010〕673号）、《财政部关于民口科技重大专项课题预算调整规定的补充通知》（财教〔2012〕277号）、《财政部关于印发 <民口科技重大专项后补助课题资金管理办法> 的通知》（财教〔2013〕443号）、《财政部关于民口科技重大专项项目（课题）结题财务决算工作的通知》（财教〔2013〕489号）、《财政部 科技部 发展改革委关于 <民口科技重大专项资金管理暂行办法> 的补充通知》（财科教〔2016〕56号）、《财政部关于 <民口科技重大专项管理工作经费管理暂行办法> 的补充通知》（财科教〔2016〕57号）、《财政部关于民口科技重大专项项目（课题）预算调整规定的补充通知》（财科教〔2016〕58号）、《财政部关于 <民口科技重大专项后补助项目（课题）资金管理办法> 的补充通知》（财科教〔2016〕59号）、《财政部关于民口科技重大专项项目（课题）结题财务决算工作的补充通知》（财科教〔2016〕60号）同时废止。